Revenue vivre dans sa ville d'origine en l997, elle tourne Larguer les amarres (l999), co-réalisé avec sa fille Catherine Vidal et produit par L’ONF. Des bourses du Conseil des arts et des lettres du Québec et du Conseil des arts du Canada lui permettent de fabriquer Poissons (collage) ( 2004), Cabines (2007) et Le temps que prennent les bateaux (2011). La Cinémathèque québécoise les présente en  2017 sous le titre Trois fois la mer, la trilogie du fleuve de Johanne Fournier. Cinéaste indépendante, elle entrecroise approche documentaire et recherche narrative. Ses oeuvres ont été présentées dans des festivals de cinéma ainsi qu’à la télévision et ont circulé en France, en Italie et au Japon. Le Conseil des arts et des lettres du Québec lui décerne le Prix à la création artistique en 2007. 

 

Présidente du centre d’artistes Espaces F à Matane de 2013 à 2015, elle y propose en 2013 une installation photographique intitulée Boîtes de mon père, #1 à 22  dans le cadre de la mission photographique Québec décapé. Leméac éditeur publie son premier livre au printemps 2017, Tout doit partir,  qui remporte la même année le Prix Jovette-Bernier du Salon du livre de Rimouski et fait partie de la sélection officielle des Rendez-vous du premier roman.